HandBrakeはかなり細かく設定できる動画エンコードアプリの定番。
好きな部分のみ変換するこや、音声の組み合わせなどにも対応と様々な機能がフリーウェアとは思えないほど搭載されています。
また、「キュー」という機能を使えば複数のエンコードを任意の順番で行ってくれるのでMacで作業をしないときにまとめてエンコードさせておくことも可能。エンコード自体かなりMacに不可がかかり時間もかかるため、休憩時や就寝前などに作業したほうがいいかもしれません。
最初は設定項目が多いためとっつきにくい印象を受けますが、プリセットされている各デバイスから選択してエンコードすればさほど難しい設定はありません。
慣れてきたら画質やサイズをさらに調整していくなどして最適なファイルでエンコードすることができます。